“十三五”發展規劃綱要對我國海洋生態環境保護提出了新要求。目前我國沿海地區發展不平衡，海洋空間開發粗放低效，海洋資源約束趨緊，海洋生態環境惡化的趨勢尚未得到根本扭轉。在國內經濟社會發展結構性矛盾更加突顯、經濟下行壓力增大的背景下，以保護海洋生態環境為抓手，加強體系建設和制度創新，推進海洋生態文明建設，對海洋治理現代化和海洋強國建設都具有重要意義。
海洋是我國經濟社會發展的基礎，近海及海岸帶的海洋生態系統為國民的生產和生活提供了多種重要資源。沿海地區以13%的國土面積，承載了40%以上的人口，創造了約60%的國民生產總值，實現了90%以上的進出口貿易。在陸地資源日益枯竭的情況下，海洋是支撐中國經濟社會可持續發展的必然選擇。因此，加強海洋生態環境保護，牢固樹立綠色發展理念，維護海洋對我國可持續發展的支撐，對我國海洋事業的發展十分重要。必須把海陸統籌作為海洋生態環境保護的指導思想，將其納入國家中長期發展規劃。整合近岸海域陸域各類功能區，以海洋主體功能區規劃為基礎統籌各類涉海空間規劃，推進“多規合一”。實施主要入海河流的陸域海域綜合管理行動計劃，實現從陸地到海洋的整理規劃和統一布局，落實一體化管理。尊重海洋自然規律，在對海洋科學認知的基礎上，全面深入實施基于生態系統的海洋綜合管理，統籌海洋開發與保護。
完善海洋生態環境保護制度，逐步構建系統完備的海洋生態文明建設的制度體系，建設美麗海洋，是時代賦予全面建成小康社會和建設海洋強國的新內涵和新任務。目前我國仍處于可以有作為的重要戰略機遇期，同時面臨諸多矛盾疊加、風險隱患增多的嚴峻挑戰。必須將海洋環境保護向污染控制和生態安全轉變，近海空間利用向注重生態功能轉變。建立健全重點海域污染物排海總量控制制度，制訂重點海域污染物排海總量控制指標和主要污染物排海控制計劃，落實各項海洋環境污染防治措施，使陸源污染物排海管理實現制度化、目標化、定量化。嚴格近岸海域和陸域開發建設項目的審批，建立健全規劃環評與項目環評的聯動機制，推進規劃環評早期介入和全過程參與。堅持集約節約用海，控制圍填海計劃，把自然海岸劃定為生態紅線，編制海岸線保護與利用規劃，推動海岸線管理立法。推進海洋生態建設和整治修復，重點實施“藍色海灣”整治工程、“南紅北柳”生態工程和“生態島礁”修復工程，構建海洋生態廊道和海洋生物多樣性保護網絡。加強海洋環境突發事件應急管理，識別海洋生態環境安全風險，編制危化學品應急預案，建立赤潮（綠潮）聯防聯控機制，加強對海洋環境災害的有效應對和處理，使安全風險管理業務化、制度化。在國家管轄范圍以外區域履行海洋生態環境保護責任，積極展示負責任大國的國際形象，加緊制定《深海海底區域資源勘探開發法》的實施細則和配套措施，推進南極地區環境保護立法。
保護海洋生態環境，建設海洋生態文明，是國家長遠發展戰略。加強海洋生態環境保護執法，以“海+漁”為切入點，推進地方近岸海域綜合統一執法。推進海洋環境保護的海洋督察，推進陸域海域一體化聯動督察機制。發展“綠色”海洋工程技術裝備，開展海洋資源開發的環境保護技術研究，推動海洋科技在海洋資源開發、環境保護領域的支撐作用。平衡海洋資源開發與生態環境保護，堅持可持續發展、海陸統籌的基本原則，形成人與海洋和諧發展的現代化建設新格局，推進海洋生態文明建設和海洋強國建設，為我國全面建成小康社會做出更大貢獻。